A reforma trabalhista autorizou o empregador indenizar o intervalo intrajornada ao invés de concedê-lo?

Resposta: Não. Apenas em relação ao empregado que labora na jornada 12 x 36 é que o empregador tem a faculdade de conceder o intervalo intrajornada ou indenizá-lo, conforme dispõe o art. 59-A da CLT.
Em relação aos demais empregados, o intervalo intrajornada tem de ser concedido. Se não for, o empregador é obrigado a indenizar o empregado, mas está sujeito à autuação por não conceder esse intervalo.